제자훈련은 거룩한 리더십을 세우는 훈련이다. 제자훈련을 시작할 때 이것이 훈련생들의 폐부까지 각인되지 않으면, 교회 내에 또 하나의 완장을 만들 뿐이다. 거룩한 리더십의 요체는 하나님의 말씀에 있다. 교회의 리더십은 사람의 재능이나 위치, 관록과는 상관없다. 왕이라도 하나님 말씀에서 멀어지면 리더십을 상실하고, 소년이라도 하나님의 말씀을 전적으로 붙들면 리더십으로 올라서는 것이 성경이 보여 주는 거룩한 리더십이다.
진정한 제자훈련은 말씀을 통해 거룩한 리더십의 자리로 나아가는 훈련이라고 할 수 있다. 거룩한 리더십은 어떤 경우에도 하나님의 말씀 앞에서 차렷 자세를 유지하는 리더십이다. 그리고 이사야처럼 하나님의 존전에서 감히 숨조차 쉴 수 없는, 말씀의 엄중함에 납작 엎드리는 훈련이 제자훈련이다. 말씀 앞에 엎드리는 훈련이 안 돼 있고, 말씀이 머리에만 쌓여 있다면, 언젠가는 자신의 생각이 말씀보다 우선이 된다. 그것은 개인적으로나 교회적으로 볼 때 불행이 아닐 수 없다.
한국 교회가 거룩한 리더십을 제대로 실천하지 못하는 이유는 장로를 비롯한 교회 지도자들이 하나님의 말씀을 가르치고 나누는 말씀 사역을 절박하고, 소중하게 여기지 않기 때문이다. 고(故) 옥한흠 목사님께서 생전에 교회 지도자들이 말씀에서 멀어지는 것은 교회를 병들게 하는 폭탄을 안고 가는 것이라고 지적하셨던 점을 다시 생각해 본다. 평신도지도자를 포함한 모든 교회의 리더십은 어떤 형태로든지 말씀으로 영혼을 섬기는 일을 지속해야 한다. 교회가 거룩한 리더십을 세우는 일은 전적으로 여기에 달려 있다.
말씀의 엄중함이 사라진 교회는 더 이상 교회가 아니다. 거룩한 리더십은 하나님의 말씀의(of), 말씀을 위해(for), 말씀에 의해(by) 전적으로 결정되는 영적인 힘이다. 이것은 성경에서도 나타난다. 거듭 강조하지만, 왕이라도 하나님의 음성을 듣지 못하면 리더십에서 멀어졌고, 목동이라도 하나님의 음성을 들으면 하나님께 쓰임 받는 리더십이 됐다. 이 사실은 제자훈련 인도자나 훈련생들 모두에게 엄위한 경고요, 동시에 거룩한 동력이다. 
사무엘이 그랬듯이 하나님의 음성을 듣고 순종할 때 소년이라도 거룩한 리더십이 될 수 있었으며, 엘리처럼 일평생 신앙의 관록이 있는 제사장이라도 말씀에서 멀어지면 거룩한 리더십에서도 멀어지게 된다. 그렇기에 제자훈련은 하나님의 말씀을 엄중하게 받아들이고, 말씀에 귀를 기울이는 훈련이며, 거룩한 리더십으로 나아가는 지름길이다.
지금처럼 세상이 소란스럽고, 세속의 소음이 확성기처럼 귓전을 때릴수록 말씀에 사로잡힌, 말씀의 권위 앞에 납작 엎드리는 거룩한 리더십이 교회를 살리고 개인을 살린다. 또한 우리는 거룩한 리더십에는 예수님의 피가 흐른다는 점을 기억해야 한다. 그것은 이른 아침에 제자들을 위해 조반을 차리는 리더십이요, 밤낮 쉬지 않고 눈물로 각 사람을 훈계하는 리더십이다. 제자훈련은 진정으로 이를 위한 것이다.